一、项目立项论证审计
二、项目资金运行审计
三、项目管理机制审计
四、项目工程造价审计
五、项目执行绩效审计
农村基础设施建设项目审计的五个重点
农村基础设施建设项目点多、面广、线长，资金来源涉及发改、财政、水务、环保、交通、土地、扶贫办等部门，项目分布农田水利、饮水安全、农村公路、环境生态等领域。开展农村基础设施建设项目审计，有利于落实国家政策，为农业增产、农民增收、农村繁荣注入强劲动力。
一、项目立项论证审计
根据农村基础设施建设项目资金来源和项目管理部门众多的特点，项目立项论证审计应关注三个方面的内容。一是审查立项的可行性、前瞻性。主要审查项目库对区域项目整体设计、筛选是否合理，项目筛选是否坚持先急后缓、弃劣择优的原则。重点审查立项项目是否进行了可行性研究，建设条件是否具备，技术论证是否切实可行，是否符合当地自然条件、经济结构、社会发展实际和可持续发展的要求。是否存在虚假申报、多报、重复申报立项、政绩工程等问题。二是审查项目概预算的经济性、合法性。重点审查项目概、预算是否按照科学、可行和节约的原则编制，项目的概算调整是否符合国家规定，是否存在改变投资计划、扩大或缩小建设规模、变更建设内容等问题。三是审查项目资金来源的完整性、真实性。结合财政同级审计，掌握项目资金的规模和组织、分配渠道，以资金分配、管理为主要脉络，深入关联部门展开调查，摸清项目资金的性质、主管部门、规模、构成及具体用途。三是审查项目概预算的经济性、合法性。重点审查项目概、预算是否按照科学、可行和节约的原则编制，项目的概算调整是否符合国家规定，是否存在改变投资计划、扩大或缩小建设规模、变更建设内容等问题。
二、项目资金运行审计
以财务收支真实性、合法性为基础，建设项目为载体，建设资金运行为线索，充分掌握项目主管部门资金管理、分配方式及拨付渠道。根据资金性质、指标、规模、用途、拨付路径确定审计重点和方法。一是审计资金的使用的真实性、合法性。从账证及票据等原始凭证入手，审查各级项目主管部门是否对资金的使用、拨付环节建立健全的管理制度，项目计划、经办、审批、付款等不相容职务是否分离，项目资金流量、流向与项目计划、标准是否相符。重点审查资金的分配是否按项目、按进度拨付，资金投放是否符合政策，专款专用。是否存在截留、挪用、套取项目资金等违规问题。二是注重审查建设单位“在建工程”账户成本核算是否准确，是否严格正确归集、分配成本，是否将不属于工程建设项目的支出列入工程成本，工程完工是否按合同规定的方式办理结算手续，帐务处理是否及时、正确，工程建设投资中的其它费用核算是否严格、合规，有无虚列支出套取资金问题。三是审计中将项目资金投向、拨付环节的合规、合法性审计与资金投向效率、资金使用效果审计有机结合，审查财政资金、配套资金到位率，项目资金节约或超支率，管理费用
